La mucoviscidose doit être diagnostiquée le plus rapidement possible, c'est-à-dire dès la maternité. Un diagnostic précoce permet une prise en charge spécialisée immédiate et le lancement d'un traitement approprié, ce qui permet d'éviter ou de retarder l'apparition de lésions irréversibles. Il s'agit d'un facteur essentiel susceptible d'augmenter considérablement la qualité et l'espérance de vie des patients.

Dépistage postnatal (après la naissance)

• Prise de sang dans le talon: Certains hôpitaux pratiquent un test de dépistage simple (petite gouttelette de sang prélevée dans le talon du bébé), basé sur le dosage de la Trypsine immunoréactive. La trypsine est un enzyme d'origine pancréatique dont le taux sanguin est très souvent trop élevé à la naissance chez l'enfant atteint de mucoviscidose. Ce premier test (attention: 10% des cas de mucoviscidose échappent à ce dépistage)  devra être confirmé par d'autres tests notamment le 
• Test de la sueur: il s'agit de l'examen le plus courant. Ce test est indolore et confortable. Il permet de déterminer la teneur en sel de la sueur qui, chez les patients atteints de mucoviscidose, est 5 fois supérieur à la normale. Il s'agit d'un test fiable s'il est réalisé au sein d'un centre hospitalier spécialisé. Si le résultat se révèle positif, afin de confirmer le diagnostic, on procède à un deuxième test.
• Analyse génétique: actuellement, on peut établir le diagnostic en procédant à l'analyse génétique d'un échantillon de sang. A ce jour, on dénombre près de 1000 mutations dont une trentaine recouvre presque 90% des cas de mucoviscidose. 
• Test du méconium: L'analyse consiste à dépister la présence de protéines (dont on ne trouve aucune trace chez l'individu sain) dans les selles du nouveau-né. Les autres étant beaucoup plus fiables, le test au méconium se fait de plus en plus rare.

Dépistage prénatal (avant la naissance)

Seules les familles comptant déjà un enfant atteint de mucoviscidose ou un cas de mucoviscidose dans leurs antécédents familiaux entrent en ligne pour ce dépistage. A partir de la dixième semaine, on peut déterminer si l'enfant est atteint de mucoviscidose ou pas. En tenant compte des circonstances et des convictions philosophiques des parents, la décision de poursuivre ou d'interrompre la grossesse sera envisagée.  

Ces familles peuvent également faire appel à la technique du "diagnostic préimplantatoire" (DPI).